神盾局成功打破“时间轮回”让地球免于毁灭的灾难，然而他们所付出的代价也是巨大的。失去了敬爱的领袖菲尔·考森，整个队伍强忍着悲痛继续奋斗。一年后，众人中功绩最大的麦克接替了局长的职责，除了应对地球的潜在威胁以外，他们还要深入外太空，去查找随着轮回打破而“失散”的费兹。太空中，找寻费兹的旅程如同大海捞针、危机四伏。而在地球上，一些不合常理的神秘事件也引起了神盾局的注意，地球又将迎来另一个潜在的存亡危机。