在第四季的开始，Gibbs从NCIS退休去了墨西哥，团队现在由Tony负责。Ziva因为在偶然间目睹了一场政治暗杀的全过程，而被联邦调查局怀疑是双重间谍认定她就是凶手，Ziva被迫成为罪犯开始逃亡。 Tony发现自己的领导能力受到了极限考验，因为他和团队的其他成员将自己的职业生涯置于危险之中，决心在联邦调查局逮捕Ziva之前证明她的清白。